Nach der Installation indiziert PDFKeeper zunächst Ihre Dateien und legt diese anschließend in der Oracle-Datenbank ab. Wenn Sie dann ein bestimmtes PDF für Ihre Arbeit benötigen, können Sie die einfache Suchfunktion des Tools nutzen. Sobald Sie ein in der Trefferliste angezeigtes PDF doppelklicken, wird das Dokument entweder mit dem Adobe Reader oder einem anderen von ihnen installierten PDF-Reader auf dem System geöffnet. Für ein besseres Ergebnis lassen sich bereits beim Hochladen von PDFs in das Tool bestimmte Schlüsselbegriffe hinzufügen.